בקוגן עונה 1 ,עונה 2 מדובב לצפייה ישירה
יום אחד, בכל רחבי העולם, קלפים החלו להופיע. על הקלפים היו דמויות שונות, סביבות שונות וכוחות שונים. הילדים המציאו משחק חדש בלי לדעת שהקלפים האלה הגיעו מעולם אחר שנקרא וסטרויה.
העולם האחר הזה התגלה כאשר מדען בשם מייקל פתח צוהר חללי במעבדה שלו. הוא הגיע לווסטרויה ומצא שם שתי ליבות – ליבת השקט וליבת הנצח. כשניסה לשוב, הוא נשאב בשל האנרגיה השלילית של ליבת השקט והפך לדמות מרושעת בשם האל ג’י. מאוחר יותר, אחד הניסויים שלו גרם לליבת הנצח, הליבה השנייה, להגיע אל כדור הארץ. כתוצאה מכך, יצורים רבים מווסטרויה שמכונים בקוגן, התפזרו על פני כדור הארץ.
הילדים על כדור הארץ הבינו שלא מדובר רק במשחק. כדורים הופיעו והפכו למפלצות. כך החלו קרבות ולוחמי הבקוגן הגיעו. כעת, הילדים נותרו עם המשימה לאחד מחדש את שתי הליבות ולהחזיר את הבקוגן אל עולמם. דן וחבריו נלחמים לצד הבקוגן שלהם כדי למנוע הרס וחורבן מווסטרויה ומכדור הארץ, וכדי להשיב את השלום אל שני המימדים.